АН вищої школи України – всеукраїнська громадська організація, що об’єднує провідних науковців і викладачів вищих навчальних закладів України, які проводять фундаментальні та прикладні дослідження у галузі природничих, технічних та гуманітарних наук. Академія сприяє інтеграції науки з навчальним процесом. У своїй діяльності вона співпрацює з Міністерством освіти і науки України та іншими міністерствами, які мають вищі навчальні заклади, Державним комітетом з питань науково-технічного та інноваційного розвитку, науковими інститутами Національної академії наук України і галузевими та іншими науковими державними й недержавними установами, спираючись на наукові та науково-організаційні підрозділи вищих навчальних закладів України.

Академія діє згідно зі Статутом, затвердженим Установчими зборами 27 листопада 1992 р. і зареєстрованим Міністерством юстиції України 10 березня 1993 р. (свідоцтво №422), зі змінами та доповненнями, затвердженими Загальними зборами 18 грудня 1999 р. та 17 квітня 2004 р.,  Конференцією 8 квітня 2006 р., та Загальними зборами 15 грудня 2007 р., погодженими в установленому порядку Міністерством юстиції України.

Вищим керівним органом Академії є Загальні збори (Конференція), які скликаються не рідше одного разу на рік. У період між Загальними зборами (Конференціями) керівництво Академією здійснює Президія на чолі з Президентом, які обираються Загальними зборами (Конференцією) терміном на 3 роки. Основою організаційної структури Академії є її наукові та регіональні відділення. Дійсними членами Академії обирають провідних учених, докторів наук, які працюють у вищих навчальних закладах, збагатили науку визначними результатами, сформували власні наукові школи.  

Заснування АН ВШ України відбулося на тлі процесів демократизації української науки початку 1990-х років. Воно стало відповіддю на об’єктивну потребу піднести статус університетської науки, яка в рамках адміністративної системи, виробленої ще за часів СРСР, перебувала в дискримінованому становищі щодо науки академічної.

До першої ініціативної групи зі створення АН ВШ України  ввійшли відомі українські вчені, професори Київського національного університету імені Тараса Шевченка, доктори фізико-математичних наук Віталій Іларіонович Стріха і Юрій Іванович Чутов та доктор геолого-мінералогічних наук Микола Іванович Дробноход. На скликані ініціативною групою Установчі збори 27 листопада 1992 року прибуло 50 провідних докторів наук, професорів українських ВНЗ, які й стали академіками-засновниками АН ВШ України. 

Збори затвердили Статут Академії, обрали її керівництво. Першим президентом АН ВШ України було обрано В.І.Стріху, віце-президентами – М.І.Дробнохода та Ю.І.Чутова, головним ученим секретарем – М.Г.Кувшинського.

Перші роки роботи Академії стали часом її інтенсивної організаційної розбудови, підвищення її авторитету. Регіональні відділення АН ВШ України було створено в усіх обласних центрах України. Її наукові відділення охоплювали весь спектр наукової тематики, яка розвивалася в українських ВНЗ. Великий престиж серед наукової громадськості одержали Академічні Нагороди Святого Володимира (щороку присуджується за громадську діяльність, яка сприяє розвитку української освіти й науки) та Ярослава Мудрого (присуджується за досягнення в галузі науки й техніки). АН ВШ України стала організатором численних наукових конференцій, семінарів, "круглих столів”, присвячених актуальним проблемам розвитку української науки й вищої школи.

Колективними членами АН ВШ України стали провідні ВНЗ України, тож у роботі Академії на кінець 1998 року брали участь не тільки 418 її дійсних членів, але й тисячі професорів та доцентів із практично всіх провідних ВНЗ - інтелектуальний цвіт України.

Проте в цей же час в житті Академії почали проявлятися й стагнаційні тенденції, пов’язані значною мірою із загальною зміною суспільної атмосфери, згасанням демократичного імпульсу початку 1990-х, надзвичайно скрутним фінансовим становищем української науки й освіти загалом. Тяжким ударом для Академії стало те, що 8 лютого 1999 року передчасно пішов з життя її засновник і перший президент В.І.Стріха. 18 грудня того ж року новим президентом АН ВШ України обрано М.І.Дробнохода.

У цей період у роботі АН ВШ України з’являються кризові явища, спричинені тим, що тодішній головний учений секретар Академії М.І.Дубина вирішив використати високий авторитет Академії в особистих цілях. Оскільки на перешкоді цьому стояло здорове ядро Академії на чолі з М.І.Дробноходом, 21 грудня 2002 року, на проведених без належного кворуму «загальних зборах», усупереч Статутові було оголошено про обрання «президентом» АН ВШ України М.І.Дубини. Переважна більшість академіків цих зборів не визнала, і тому всі реєстраційні документи Академії та її печатка й надалі перебували в легітимного президента АН ВШ України М.І.Дробнохода. Проте тривале використання М.І.Дубиною незаконно виготовленої печатки й назви Академії для прикриття діяльності власної віртуальної структури завдало АН ВШ України значної моральної і матеріальної шкоди. Тому 23 квітня 2005 року Конференція АН ВШ України на підставі Статуту виключила М.І.Дубину з Академії й позбавила його звання академіка.

Загальними зборами Академії 17 квітня 2004 року обрано новий склад керівництва Академії на чолі з президентом М.І.Дробноходом. Рішенням Голосіївського місцевого суду м.Києва від 2 березня 2006 року, яке вступило в законну силу, підтверджено легітимність цих зборів. Це поклало край спекуляціям навколо того, хто має право законно використовувати назву Академії. Конференція АН ВШ України 8 квітня 2006 року інформувала наукову громадськість: всі дипломи академіків і почесних академіків АН ВШ України, лауреатів академічних нагород, видані, починаючи з 2002 року, за підписом виключеного з Академії М.І.Дубини, щодо якого прокуратурою порушено кримінальну справу за фактами шахрайства й підробки документів, є нечинними.

Починаючи з 2004 року, відбувалося відродження науково-організаційного життя АН ВШ України. Стабільно працювала її Президія та більшість наукових відділень. Центральними подіями для Академії за вказаний період стали: щорічні Академічні читання пам’яті В.І.Стріхи, які набули статусу одного з помітних форумів університетської науки; поновлення видання "Наукових записок АН ВШ України”; відкриття сайту Академії http://anvsu.org.ua , який вміщує оперативну інформацію про життя АН ВШ України, публікує статті  академіків, налагодження випуску широкопрофільного англомовного наукового журналу «Наукові обрії» ("Scientific Horizons”, засновник – Західний науковий центр АН ВШ України). Упродовж багатьох років Академія видає авторитетний науково-практичний щоквартальник "Освіта і управління”. За участю вчених Академії відбуваються численні наукові конференції, семінари, "круглі столи” тощо.

Підвищенню статусу Академії, можливостей її впливу на ситуацію в науково-освітній сфері сприяла робота Президента АН ВШ України М.І.Дробнохода на посаді радника міністра освіти і науки України (2005-2010), члена Колегії МОН (2008-2010) та члена Піклувальної ради Стипендіальної програми "Завтра.UA” Благодійного фонду Віктора Пінчука. Академія послідовно відгукувалася на важливі події в науково-освітньому житті держави, брала участь в обговоренні та вносила пропозиції до проектів державних нормативних документів. За її поданням низку провідних науковців було відзначено державними нагородами.

Звітно-виборна Конференція Академії 24 квітня 2010 року переобрала М.І.Дробнохода президентом АН ВШ України на черговий трирічний термін, сформувала новий склад Президії та Контрольно-ревізійної комісії, визначила основі напрями роботи Академії на подальший період. Вони, зокрема, включають участь у процесах реформування української вищої освіти й науки; участь у визначенні основних напрямів наукових досліджень у вищих навчальних закладах України шляхом тіснішої взаємодії з Міністерством освіти та науки України, Державним комітетом України з питань науково-технічного та інноваційного розвитку, Комітетом Верховної Ради України з питань освіти та науки; обмін інформацією з іншими науковими вітчизняними та зарубіжними організаціями; діяльність у напрямі розширення україномовного освітнього простору; співпрацю з НАН України задля забезпечення освітнього процесу сучасними українськими підручниками; захист прав працівників вищої школи, - викладачів, науковців та керівників.